Sejarah SMK Agama Yan

Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Yan mulai dibuka secara rasminya pada 1 Januari 1997 dengan pelajar seramai 462 orang dan 33 orang guru termasuk pengetua.

Pengetua pertama ketika itu ialah Puan Hajah Hindong binti Ali (1997-1999). Bilangan kelas pada tahun tersebut ialah sebanyak 14  kelas dan semua pelajar diwajibkan tinggal di asrama. Bilangan warden ialah seramai 15 orang termasuk 9 orang penolong warden.